Fakultas Kedokteran Universitas Diponegoro Semarang (FK UNDIP) mulai resmi berdiri sejak tanggal 1 Oktober 1961. FK UNDIP selaku institusi pendidikan bersama-sama dengan RSUP Dr. Kariadi Semarang yang berfungsi sebagai tempat pendidikan klinik bekerjasama untuk melaksanakan pendidikan program kedokteran.  Pada awal berdirinya, sebagai Presiden UNDIP adalah Soedarto SH, Dekan FK adalah  Dekan FK adalah Kol. CDM Dr. Soewondo dan Direktur RSUP Dr. Kariadi pada saat itu dijabat oleh  dr. Soepaat Soemosoedirdjo. Pendidikan fakultas kedokteran pada saat itu dimulai dari tingkat atas ( kepaniteraan klinik ) dengan cara merekrut para Doktirandus Medical / Drs Med.

Pada tahun 1961-1962 pendidikan dimulai dengan masuknya 30 orang Drs. Med, kesemuanya dari Universitas Gajah Mada/UGM. Pada tahun 1962-1963 fakultas kedokteran universitas Diponegoro mulai menerima pendidikan mahasiswa tingkat pertama, dengan dosen dan asisten mahasiswa sebagian diambil dari mahasiswa tingkat dokter.

Pada awal berdirinya  FK UNDIP menempati salah satu gedung lama di samping depan kiri gedung RSUP dr. Kariadi, kemudian pindah ke bagian belakang  di dekat bangsal penyakit dalam dan bangsal psikiatri dimana gedung bertingkat yang megah dan hampir seluruh kegiatan fakultas dapat dilakukan disini. Pada bulan Februari tahun 2014 Gedung milik Fakultas Kedokteran UNDIP telah selesai dibangun sehingga kegiatan belajar mengajar dipindahkan Ke Tembalang.

Pada saat itu sebagai Kepala Bagian Penyakit Dalam adalah dr. Gan Sing Bie (Internist- dermatologist), kemudian dijabat sementara oleh Dr. Liem Tiauw Hien. Sebagai staf adalah 5 dokter umum, diantaranya dr. Theo Suhardjono, dr. Siti Suratmi dan dr. EIya Karnadi. Untuk keperluan pendidikan dokter spesialis, diminta bantuan 2 internis RS St Elisabeth dan 2 internist praktek swasta.

Pada tanggal 1 Juli 1963 dr. R Boedhi Darmojo, internis baru lulusan FK UI Jakarta pindah bekerja di FK UNDIP Semarang, menjabat Kepala Bagian Ilmu Penyakit Dalam ( Bag IPD ). Tahun 1964 masuk 2 lulusan dokter umum FK UNDIP, yakni dr. Djokomoeljanto dan dr. Soenarto, dr Boedhi Darmojo internis mulai mengembangkan Bagian Ilmu Penyakit Dalam dan membimbing para asisten untuk mendapatkan brevet internist, yang pada saat itu harus mengikuti finishing touch di Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia  Jakarta. Pada tahun 1964 dr. Boedhi Darmojo internis diangkat sebagai Dekan FK UNDIP ( 1964 – 1966 ), tugas bagian dibantu oleh dr. Ong selama 2 tahun, dan dr. Soewarso selama 3 tahun sayangnya kemudian sakit dan wafat. Selanjutnya para asisten penyakit dalam berturut-turut mendapatkan brevet internist adalah dr. Theo Suhardjono ( 1968 ), dr Siti Suratmi ( 1969 ), dr Elya Karnadi ( 1969 ), dr. Djokomoeljanto ( 1970 ) dan dr Soenarto (1970). Mereka mengembangkan sub bagian Gastroenterologi, Pulmonologi, Penyakit Tropik Infeksi, Endokrinologi dan Hematologi, sedangkan dr. Boedhi Darmojo sub Bagian Kardiologi. Sejak saat itu para dokter umum lulusan murni FK UNDIP mulai masuk sebagai residen spesialis penyakit dalam.

Pada tahun 1975 Bagian IPD FK UNDIP / RSDK diakui sebagai tempat pendidikan mandiri dan berhak meluluskan spesialis penyakit dalam. Lulusan pertama adalah dr. Winoto Danuhardjo, dr. Anityo Mochtar, dan dr Imam Parsoedi. Mereka menjadi staf pengajar toksikologi, kardiologi dan nefrologi hipertensi. Kemudian dr Prijanto Poerjoto internist lulusan FK UI ( 1975 ) ikut bergabung sebagai staf pengajar subbagian kardiologi.

Pada tahun 1978 Bagian Ilmu Penyakit Dalam meluluskan 2 internis yaitu Dr R. Soekomijanto, Dr Y. Soetarto. Pada tahun 1979 meluluskan 5 internis  yaitu Dr Harmadji, Dr J. Darmawan, Dr M. Soetardi, Dr. Soetikno Tanuwidjaja , Dr Sugiri. Dr Soetikno dan Dr Sugiri  kemudian menjadi staf bagian kardiologi. Pada tahun 1980 meluluskan 5 orang internis yaitu dr Soenarto dan Dr Darmono  yang akhirnya keduanya menjadi staf bagian endokrinologi, Dr Zainuri Kosim, Dr AG Soewito dan Zulkifli Pohan yang melakukan finishing touch di UNDIP. Pada tahun 1981 bagian ilmu penyakit dalam meluluskan 3 orang internis yaitu Dr A Tamzil, dr. C. Suharti yang menjadi staf Hematologi, dan dr. Soeharyo Hadisaputro sebagai staf Tropik Infeksi. Pada tahun 1982 bagian ilmu penyakit dalam meluluskan 5 orang internis yaitu dr Isa Ansor, dr Roem Astiti Widjaja, dr Sirrijah Roesdi, dr Isjanti, dr I Made Baktak (yang melakukan finishing) juga lulus pada tahun itu. Pada tahun 1983 bagian ilmu penyakit dalam melulukan 3 internis yaitu  dr. Pasiyan Rachmatullah (yang menjadi staf  Pulmonologi), dr Luftie Latif,  dan dr  Kris Pranarka   (yang menjadi staf Geriatri).

Prof. Dr. Boedhi Darmojo pantas dijuluki Sang Begawan yang sangat berjasa dalam pengembangan bagian penyakit dalam dan pendidikan kedokteran. Beliau merintis kegiatan ilmiah kedokteran dan pendidikan berkelanjutan, penerbitan majalah FK UNDIP, bidang kardiologi, bidang geriatri dan sebagainya. Kerjasama dengan sentra pendidikan di luar negeri dirintis beliau dengan maksud untuk pengembangan pendidikan sehingga para asistennya dapat belajar ke luar negeri. Beliau selalu mendorong dan mengusahakan agar para asisten dan anak didiknya rajin menimba ilmu dan ketrampilan, memperluas wawasan serta meningkatkan karier baik profesi maupun akademik.